Pomysł utworzenia w Zgorzelcu Muzeum narodził się już po II wojnie św. Jednak dopiero po blisko sześćdziesięciu latach, w 2001 roku, dolnośląskie środowiska naukowe i muzealne wystąpiły z propozycją utworzenia takiej placówki. Zauważono wówczas potrzebę stworzenia instytucji naukowej, która poprzez swoją działalność, wpływała by na rozwój wiedzy, zainteresowanie regionem oraz pobudzenie świadomości lokalnej społeczeństwa zgorzeleckiego. Działanie takie wpisywało się w klimat polityki budowania Europy Regionów, której założenia zostały przyjęte przez Unię Europejską.

Inicjatorem całego projektu stało się Zgorzeleckie stowarzyszenie „Euroopera” – znane w środowisku lokalnym z działań na rzecz rozwoju kulturalnego miasta i regionu. Bardzo poważny wpływ na kierunek i jakość prac miał ówczesny dyrektor Muzeum Karkonoskiego Stanisław Firszt.

Od początku działania na rzecz powstania Muzeum Łużyckiego uzyskały poparcie władz samorządowych. W czerwcu 2003 roku przekazano budynek przy ulicy I. Daszyńskiego 15 na siedzibę placówki. W szerokiej dyskusji ustalono wstępną koncepcję merytoryczną oraz obszary zainteresowania muzeum. Miało ono funkcjonować jako muzeum regionalne, nastawione na badanie i dokumentowanie dziejów, kultury i życia codziennego mieszkańców Polskich Górnych Łużyc, a w szczególności Zgorzelca.

Zrujnowana kamienica przy ulicy Ignacego Daszyńskiego wymagała gruntownego remontu. Zadanie to ujęto w szerokim planie rewitalizacji Przedmieścia Nyskiego. Dzięki pozyskanym funduszom unijnym remont ukończono w 2007 roku. Muzeum Łużyckie rozpoczęło swoja pracę.